却说董旻闻听众公卿为乱，大怒，亲自带兵平叛，进攻董承。

吴昱见长安城内烽火冲天，知道长安内乱，忙命高顺陈到麹义三人率精兵袭城。长安城守卫见城中火起，却没有人来通知自己，尽皆惶惶，不知所措。吴昱又首发精兵，只一鼓便登上长安城头，长安城卫皆以为天神，莫不披靡，尽皆投降。吴昱得入长安，率兵直扑皇宫。

此时的皇宫已是一片混乱。董承不敌李蒙，被李蒙阵前斩杀，南军大败，诸公卿死者众多，许褚护着李儒贾诩以及皇帝家眷急急出宫，奔北门而来。李蒙紧追不舍，董旻亲率精骑来踏众人。小皇帝躲避不及，被战马踢了一脚，口吐鲜血。

许褚大怒，只身抗倒战马，冲入董旻军中，董旻军势为之一遏。许褚趁势手劈李蒙，董军见了尽皆丧胆，连连后退。

恰在这时，徐晃援军赶到，救了皇帝和李、贾二人及众家眷，复反身随许褚厮杀。董旻不敌，正欲拨马而逃，却被赶上来的黄忠一箭爆头，死在马上。

吴昱接了皇帝及眷属，见皇帝伤势太重，忙叫华佗过来为之疗伤，又命众将领击鼓进军，平复叛乱。堪堪三更时分，方才平复叛乱，董旻诸军尽皆投降。

吴昱命人打扫皇宫，亲自与华佗一起照料皇帝。吴昱明白，皇帝要是现在死了，自己可就坏菜了。弄不好要被众诸侯群殴。无论如何，吴昱也要救活皇帝。

华佗亲为皇帝疗伤，经过三天三夜，小皇帝终于醒了。不过华佗却对吴昱说皇帝活不过三年，纵使养生得道，也不过四五年时间。吴昱闻听连连叹息，深责自己没有保护好皇帝。至于后宫家眷，仅存皇后伏氏和董贵人二人。然而，此二人家族尽皆被董旻诛杀殆尽，百官公卿存之者不及一二。

吴昱叹息，幸存的官员流涕不已，诸将士亦尽皆哀怜。第二日，吴昱安顿好长安，重整朝纲。

在吴昱攻破长安之时，郑县的徐荣抓住机会将张济段煨二人分割，并包围了段煨。在闻听长安已失，董旻已死的消息之后，张济带着张绣南出武关，攻打刘表的南阳，段煨只得识时务的投降。

北面的郭汜李催二人惶惶不可终日，按照吴昱的想法，本来是要歼灭二人。后来李儒贾诩二人做保，要招降两人，吴昱转念一想，因为有董旻为首，此时的李催郭汜二人已然不像历史上那样犯了滔天之罪。二人的野心尚未被完全激发，自己还是有信心控制二人，况且二人用兵上颇有一套，吴昱便答应下来。

不过几日时间，李催郭汜二人肉袒负荆谢罪，吴昱好生安抚，任其为将，允其各带私兵三百，聊做保家之用，其余的西凉军队尽皆收编。

不出半月，三辅皆定。吴昱命诸军扼守关津，张榜安民，并布告天下，董孽已除，朝纲新定，愿天下州牧罢兵休战，各理政务。并听取程昱的建议，下诏求贤，设立求贤馆。

至于朝政，因为董旻之乱死亡甚众，一时补给不足，而且献帝伤势未愈，皇后年纪又小，皆不能主政。献帝与皇后商议，命吴昱为太傅，兼领尚书令，主持政务。献帝下诏，群臣上书，吴昱皆以年少才德不足为名推辞，如是三番四次，吴昱乃推太傅之任，而强为尚书之令。

吴昱以朝廷新立，人才匮乏，三公之才不足，又家国离丧，费用不足，乃以实政为主。三公之任待皇帝亲政时再行任命。又东汉以来，政之所出皆在尚书。吴昱提议尚书台办理政务正规化，下设六部，礼户吏兵刑工六部，六部各有尚书。礼部负责祭祀典礼、选举考试及外交。户部负责民赋及税收。吏部负责百官考核及奖惩。兵部负责军备粮草。刑部负责法律及案件审理。工部负责国家基础设施建设。并各因其事，而分诸曹。

献帝及百官闻之，皆以吴昱不贪名利，尽无异议。

实际上这是吴昱改革政事的第一步。在吴昱眼中，三公九卿制度已经难以适应历史的发展。而后世的三省六部制，甚至是六部尚书制才是君主集权制的最佳的方式。这种方式有效的解决了君主与大臣尤其是相国之间的矛盾。而且三公、大将军、太傅这些可以独立开府的官职，简直就是为了给权臣们行方便之门，对君主的威胁甚大，以至于皇帝不得不依靠外戚和宦官来压制。这导致国家上层建筑始终处于动荡不安的境地，于国于民都没什么好处。而三省六部以及配套的科举制，很好的避免了权臣的出现。