吴昱将中央六部官吏名单交给献帝和皇后审阅，献帝皆无异议。吴昱行尚书令，礼部尚书荀彧，吏部尚书毛玠，户部尚书张昭，兵部尚书吴老，刑部尚书满宠，工部尚书刘馥。其中工部下设四曹，分别是工曹、屯曹、豫曹以及水曹，工曹掌握工部具体的政策颁布和政务，屯曹掌屯田，豫曹为山泽之利，水曹为水利。吴昱任命韩浩为工部侍郎，任峻为中郎，掌屯田事宜。马钧亦为工部曹，掌工艺技术。

对于司隶一地的统治，吴昱与一干文武考核诸能臣，制定了一个太守县令名单。司隶共有七郡，分别是河南、河内、河东、弘农、左冯翊、右扶风和京兆尹。任枣祗为京兆尹，吴昱没有把枣祗放在中央六部尚书的位置上，就是让他统领京兆尹，保护京都的安全。徐庶任河南太守，因为已经迁都长安，河南再称尹有些不合时宜，便将河南尹改成河南太守。程立任河内太守。梁习仍任河东太守。朱儁之子朱皓任弘农太守，皇甫嵩之子皇甫寿坚任左冯翊，钟繇任右扶风。

牵招为长安令，张既任郿令。杜幾、李严、杜袭、史进、宋徙、司马芝等人皆为县令。在这几人外出为县令之时，吴昱为防止他们有不好的想法，特地一一与之谈心。其他的年龄较小的十余人，吴昱亦下放郡县，让其磨砺能耐。

通过主政，吴昱发现自己掌握的人才仍旧是太少太少。吴昱求贤若渴，新建的求贤馆初见成效，关中的能人挖掘出不少，像张既、杜幾、孟达、从荆州迁来的杜袭以及军师祭酒法正等人。

由于吴昱兼领司隶校尉，因此州牧之职有：军师贾习、胡昭，军师祭酒郭靖、法正，长史李儒，主簿田仪，功曹贾诩、从事梁明、李巡等，中郎将麹义、高顺、徐荣、于禁，都尉典韦、许褚，校尉黄忠、文聘、赵云、张任、张辽、甘宁、张颌、郭靖、吴雄、华雄、徐晃、李通、陈到、霍笃，军司马有文聘、吴霸、麹胜、周仓、胡车、刁祥麟、杨维、李果、张奋、高览、樊稠、魏平、周泰、蒋钦、李宝、刘虎、郝昭、霍峻、李催、郭汜、皇甫郦、段煨、纪灵、平汉、大计等。还有一干小将未计其中。

其中吴霸、麹胜二人领宫中禁军。文聘守武关，霍笃兄弟守虎牢关，刁祥麟守轩辕关、张奋守大谷关，张任郝昭守陈仓。魏平、李果、杨维、纪灵、高览、段煨、樊稠等分守各郡为郡尉。其余将领在中军听候调令。

屯田和移民工作如火如荼的开展，商业亦渐渐渗透到各地，一切政事慢慢进入正规。吴昱却对未来有些迷茫。

原因无他，即是历史的走向因为自己出现而发生了改变。曹操再也没有奉天子的机会了，官渡之战貌似打不起来了，而自己却成为众诸侯潜在的威胁。吴昱清楚的认识道：自从走上了奉天子的道路，吴昱便走上了统一天下的大道。自己现在或许终生的任务便是消灭割据势力，实现天下一统。

这让吴昱有些焦虑，他明白如曹操袁绍之辈皆不是好相与的。如今要和他们为敌，吴昱确实有些心虚。因此处理完政务之后，吴昱便将自己反锁在尚书台中对着一副地图发呆。

他在思索，在探究，在给自己找方向。如果完全按照历史的版本，那就是大的有能力的诸侯不断的兼并弱小，以至于他们的势力越来越大，最终会对抗中央朝廷，弱枝强干势在必行。然而怎么才能实现弱枝强干。吴昱心中一个蓝图慢慢形成。

吴昱之所以会有一段时间的彷徨，是因为现在的发展趋势已完全出乎吴昱的意料之外。他没有想到自己会这么顺利的进入长安，更没想到自己会拿到挟天子这一政治金手指，还没想到董旻之乱将长安官员屠戮的仅剩一二。剩下的也不过是见机早的小官，如钟繇、皇甫郦、皇甫寿坚、朱皓等寥寥数人。三辅豪强大族虽然没有遭受太大损失，但中兴后，三辅的豪强大族在朝堂上并不占优势。正是这一系列的变化，让吴昱原定的战略计划无法实现，因此出现的短暂的彷徨时期。