“妖书”到处散发，朱赓的寓所中也收到一份。朱氏看后不敢隐瞒，马上进宫面奏皇帝。

明神宗看过传单，勃然大怒。当即命东厂和锦衣卫“大索奸人”。沈一贯因“伪楚王案”和郭正域结怨，又和另一大学士沈鲤不和，想乘此机会排挤沈鲤，置辞官尚未获准的郭正域于死地，从而密奏皇帝，“妖书”是一两个大臣的阴谋，必须严于追查。在他主持下，定出揭发主谋者给银5千两、授任指挥佥事的赏格。一时密探四出，京城的气氛骤然紧张起来了!

锦衣卫都督周嘉庆，被同僚王之祯等指为“妖书”作者。康丕扬看出沈一贯的心意，上疏硬指“妖书”和“伪楚王”两案同源，暗示和郭正域弟兄有关。谁知弄巧成拙，引起皇帝恼怒，斥责他“庇反贼”。还是得沈一贯竭力解救，才没有被罢官、充军。

康丕扬为了表现自己，接着派人逮捕了常到大臣家凑趣的和尚达观，到郭家看过病的医生沈令誉和琴士钟澄，府同知胡化也上书控告儒学训导阮明卿“造作妖书”；厂卫则捉到嫌疑犯毛尚文(郭正域家仆)。史载：“数日间，锒铛旁午，都城人人自危!”

钱梦皋秉承沈一贯意旨，继续上书攻击沈鲤和郭正域，要求“穷治根本，定正域‘乱楚’首恶之罪，罢斥沈鲤。”皇帝据此，命郭氏“回籍听勘”，也传旨严讯捕置狱中的诸人。

万历中期朝政的龌龊由此暴露无遗，刑部尚书萧大亨为沈一贯私党，审案时刑逼受审者供认系受郭正域指使，达观和尚当场致死，沈令誉等在酷刑下，同样没有乱供。作为原告的胡化，也被威逼、要他攀扯沈鲤和郭正域。胡化情急大叫，承认自己和阮明卿有仇，因而诬告对方写妖书，并未受人指使。锦衣卫都督陈汝忠审讯毛尚文，还派兵到杨村包围郭正域乘坐南归的海船，拘捕了仆婢和代抄文件的“佣书者”多人，但没有逼出有用的口供。被捕诸人中，只有周嘉庆毫无形迹，释放后革职回里。而他的舅父、礼部尚书李戴，已因此被勒令辞官了。

皇太子在东宫，听到他过去的老师郭正域受罗织，数次对近侍表示，“奈何欲杀我好讲官”?消息外传后，阴谋加害郭氏的人，才有所收敛。

“妖书”是何人所为，始终不明不白。

“妖书”案结束不久，楚王朱华奎以“助工”为名，向皇帝敬献万金。

巨金运送途中，以朱蕴钤为首的楚宗室，纠约了几百人，在汉阳进行拦劫。这一行为，当时被称为“劫杠”(按“杠”乃抬送重物所用的粗棒，有时也代指箱柜，民间旧时呼进贡的东西为“皇杠”)。

兵巡副使周应治以职责所在，当场拘捕了带头行劫的人犯36名，送往狱中。飞扬跋扈的楚王宗族，气焰嚣张，群起闹事。周应治无法约束，只得匿身民间，不敢露面。

挂衔兵部尚书和右副都御史的湖广巡抚赵可怀，立即提讯被捕各犯。审问时，走下大堂，温语讯问。不料朱蕴钤和朱蕴訇两名，突然挣断刑枷，猛砸赵氏头部，致使当场死亡。经巡按御史吴楷告变，皇帝命鄂境严兵戒备，防止击杀大臣的罪犯外逃。附近地区因而哄传楚宗室“称兵谋逆”，惊惶不安。鄂西北的郧阳巡抚胡心得等，甚至操练兵马，请求“会师进剿”!闹事诸人自忖难和官军抗衡，事态始末扩大。凶犯和带头“劫杠”者因而落入法网。

万历三十三年四月，“劫杠”案定谳。朱蕴钤，蕴訇两名，解送湖广承天府显陵(明世宗父母葬地)处死，勒令朱华堆等三名自杀，朱华焦等23名监禁，朱蕴钫等22名革爵幽囚，其余多人或降爵、或革禄，处分不一。

“国体藩规俱不论，老臣涂血也堪怜！”这是当时著名文学家袁宏道对本案发出的感慨。

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