就在昂撒国印度洋舰队的官兵们面对着突然失去信号的雷达屏幕还没有反应过来发生了什么的时候，东极国的第二个波次反舰弹道导弹攻击已经到来了。不同于第一个波次攻击时，昂撒国战舰的防空系统全部都能够正常工作，各种拦截武器也都在全力拦截来袭导弹。此时昂撒国战舰面对东极国反舰弹道导弹第二个波次的攻击时却显得平静很多，拦截弹和近防炮都不再开火，舰队雷达的电磁干扰也都消散了，只有舰载激光还在无力地指向天空。

第二个波次的60枚反舰弹道导弹除了攻击少数几艘舰艇时遭受到战舰的拦截，攻击其他航空母舰、巡洋舰和驱逐舰时几乎没有遭受到任何实质性的抵抗。巨大的弹头拉着长长的火光从高空直劈而下，轰击在战舰的钢铁舰体之上。在重力加速度的作用下，这些弹头的末端速度达到15倍音速以上，巨大的动能使得弹头如同钢刀切豆腐一般轻易击穿战舰的金属甲板，甚至贯穿整艘战舰。

东极国西海舰队将反舰弹道导弹放在所有攻击序列的最前方，主要有两个目的：第一是利用其强悍的突防能力，率先让敌方舰队的主要舰艇丧失作战能力，为后续的高超声速反舰导弹和反舰巡航导弹的补充攻击奠定基础；第二是利用其攻击时超高的动能，来对敌方防御能力强悍的航空母舰和巡洋舰造成致命杀伤，使其彻底退出战斗序列，因为大型舰船特别是军舰的水密舱设计极多，再加上舰体坚固，具有极强的抗打击、抗沉能力，普通的攻击弹药很难对其造成致命杀伤。因此在东极国反舰弹道导弹的第二个波次的攻击中，攻击重点多是放在航空母舰和巡洋舰上，并且攻击弹头也分为多种类型，以确保杀伤效果。

在第二个波次的反舰弹道导弹攻击中，每艘航空母舰有6枚导弹负责打击，每艘巡洋舰有3枚导弹负责打击，驱逐舰有1到2枚导弹负责打击。最终，60枚反舰弹道导弹中有40枚成功命中目标，剩下的20枚导弹由于战舰抛射的干扰弹影响弹头上的主动导引头对目标识别以及部分战舰的拦截，未能成功命中目标。在这一波次打击后，昂撒国印度洋舰队彻底遭受重创，主要作战舰艇几乎全部丧失作战能力，三艘航空母舰更是遭受致命打击，有的甚至已经开始下沉，场面惨烈无比。尽管光是东极国反舰弹道导弹的攻击已经使得整个印度洋舰队无法承受，但是一想到此时东极国的整个攻击行动才刚刚开始，就不免让人绝望。

航空母舰巨大舰体使得它在海上的目标特征更加明显，导弹的导引头能够更加容易地从海面上找到并锁定它们。再加上为了舰载机的安全起降，昂撒国的三艘航空母舰的周围并没有布撒很多的干扰弹，综合各种原因使得在第二个波次的反舰弹道导弹攻击中，昂撒国印度洋舰队的三艘航空母舰在东极国西海舰队的重点关照下，无一幸免全部遭受重创，甚至导弹的命中率相对于其他战舰也要高上一些。

6枚攻击“列克星敦号”航空母舰的反舰弹道导弹全部命中目标，其中2枚弹头在甲板上方爆炸，此时航母甲板上方正在进行忙碌的战机升空作业，大量的战机、弹药、燃料停放在甲板上。两枚数百公斤的高爆弹头在甲板上突然爆炸，爆炸产生的巨大冲击波将甲板上大量正在作业的人员、车辆、战机吹出甲板跌落海面；同时爆炸还引燃了甲板上的战机、弹药和燃料，接连不断的殉爆之声不绝于耳，整个甲板一片狼藉。另有2枚弹头击穿了航母的甲板并且钻到甲板下方的机库中，在机库内部发生爆炸，弹头在密闭空间内爆炸使得爆炸的威力大大增强，爆炸的火焰和冲击波席卷了整个机库，将机库内的战机全部摧毁。虽然前面4枚弹头的攻击基本摧毁了“列克星敦号”的作战能力，但是却并没有破坏整个战舰的根本。如果它能够就此退出战斗，经过维修之后依然有可能重返战场。然而最后的2枚导弹却将整艘战舰送入深渊，它们凭借着巨大的动能直接击穿数层甲板在战舰的底舱爆炸，剧烈的爆炸将“列克星敦号”的底部撕开了两个直径十几米的大洞，大量的海水从洞口不断涌入战舰内部。更糟糕的是，底舱是整艘航空母舰的动力源所在，核反应堆、主发电机、推进电机全部在这里，大量的海水涌入正在威胁着整个战舰的动力源，战舰不得不降低反应堆功率并紧急关闭大量水密舱门全力进行损害管制，这使得战舰在海面上停车。但是这两枚导弹所造成的攻击实在是过于严重，底部豁口实在太大，每秒都有数十吨海水涌入，并且爆炸还造成了战舰底部结构钢梁变形，并且这种变形在海水和舰体的巨大重量的共同作用下还在持续扩大，而这很可能导致战舰解体沉没。

6枚攻击“约克城号”航空母舰的反舰弹道导弹有5枚成功命中目标，虽然和“列克星敦”号一样，甲板和机库各自被2枚导弹命中，损失惨重几乎彻底丧失战斗力，但是攻击底舱的导弹却只有一枚，并且直接贯穿舰体没有爆炸，只在舰体底部留下了一个直径1米多的孔洞，虽然海水不断涌入，但是水密舱及时封闭后，并没有影响到战舰的正常航行。相比之下，“企业号”航空母舰受到的损失最小，虽然甲板上的战机一样被摧毁，但是机库却没有受到损失只是有一部升降机被摧毁，动力系统也完好无损。