光化一年六月一日，在第一次的早朝上，朱慈烺提出了本朝的六部人选，

内阁首辅史可法

兵部尚书陈子龙为大明京营总指挥，黄得功为兵部侍郎兼京营副总指挥

文华殿大学士兼户部尚书堵胤锡

吏部尚书方国安，每年负责科举的开展

礼部尚书程璧，负责大明典礼以及宗室，管理大明钱庄

刑部尚书刘宗周

工部尚书宋应元

方元科任职锦衣卫督指挥使

在对大明内阁人员的重新任命以后，重新设立行省制度，将江苏浙江安徽进行直辖改名为南直隶，重新恢复征税，南直隶年总赋税400万两，江西赋税100万两，湖北赋税50万两，湖南赋税50万两，福建和广东赋税因地方拥兵自重没有收上来，云南、贵州暂由沐王府沐黔管理赋税20万元，盐税100万两，商业税50万两，合计能收上来770万两白银，海关贸易由于郑之龙家族在把持并不能正常开展，光化官员支出10万两，光化帝内府支出20万两，养兵50万人，京营20万人士兵每年24两银子年支出48万两，两湖防线和徐州、淮安防线各10万人士兵每年36两年支出36万两，其他地区士兵每人每年10两支出12万两，