至此长期盘踞在南疆的叶尔羌汗国被明军所彻底灭亡，而叶尔羌汗国崩溃后明军就可以把全部的注意力放到准噶尔部这边，大明岐王洪承畴亲自带着吐蕃佛教领袖在肃州坐镇指挥，很明显他想利用吐蕃佛教的名义笼络人心，很快洪承畴就在苏州得知了卡尔扈特部和柯尔克孜部也参与对抗准噶尔部和叶尔羌汗国，哈萨克人则纷纷起兵反抗准噶尔部，在这种情况下洪承畴派出使者跟他们联络。

卡尔扈特部跟大部分蒙古部族一样信仰藏传佛教，因此他们在得知洪承畴成为护教法王后就立刻表示以后肯定要坚决支持明军，洪承畴还许诺帮助哈萨克人建立汗国，因此得到了哈萨克人的拥戴，至于柯尔克孜部族则素来尊崇这些个中原大国，因此洪承畴很快就用封赏为筹码争取到他们的支持，至此洪承畴成功的打造了对抗准噶尔部的包围圈，而这个包围圈就像大网一样向准噶尔部扑去。

很快北庭提督王廷臣就按照此前的计划率领明军攻打准噶尔部后方，他任命总兵李本深为先锋跟随同杜尔伯特部的骑兵作战，李本深率领以本部农民军降兵为班底组成的明军连续击败准噶尔军队，然后他直接开始上头要疯狂的下令把所到之处的准噶尔人全部杀光，此举连准噶尔部的世仇杜尔伯特骑兵们都感到了极其的震惊，所幸之后李本深的疯狂行为被总兵张天琳劝阻。

与此同时甘肃提督马科也率军进入南疆，他派出将门出身的总兵左襄去剿灭本地回教反抗武装，同时他任命经验更丰富的总兵夏承德骚扰准噶尔军队侧翼，夏承德很快就率军连续击败准噶尔军队，这让巴图尔浑台吉不得不分兵防守防备侧翼，很快左襄也剿灭了这些几乎不会打仗的回教反抗武装，之后他就和马科大部队一起前往吐鲁番增援西域提督刘钰。

结果巴图尔浑台吉面对这种压力就彻底无力支撑了，他现在对面的明军兵力大增已经可以进攻，而他的后方还遭遇了明军骑兵和他们的盟友的全力围攻，至此准噶尔军队已经无力继续去支撑作战，在这种情况下巴图尔浑台吉只能带着军队撤回别失八里，结果他很快就遭遇刘钰和马科的全线追击，但是最终巴图尔浑台吉还是成功率领军队撤入别失八里。

巴图尔浑台吉撤入别失八里后很快就遭到了刘钰和马科的围攻，刘钰和马科集结了他们麾下五大总兵对别失八里展开了疯狂的猛攻，在这种情况下准噶尔部蒙古骑兵缺乏守城能力的问题暴露无遗，而且准噶尔部的人数跟明军比已经算是相当稀少了，结果很快他们就被明军的火炮开始给压着打了，于是最终巴图尔浑台吉只能带着准噶尔人赶紧突围，而刘钰和马科则顺势率领明军占领别了失八里，战后如果不是刘钰亲自下令阻拦，别失八里差点被李成栋和杨承祖杀的鸡犬不留。