初，从事郄俭置燕邠听闻郄俭遇难，独自赴难而死。刘焉听闻此事，将不敢赴难的从事董馥、张胤二人诛杀以示惩戒。

《华阳国志·卷10下：燕邠为刺史郄俭从事，使在葭萌，与从事董馥、张胤同行。俭为黄巾贼王饶、赵播等所杀，邠闻故哀恸，说馥、胤赴难，二人不可。邠叹曰：“使君已死，用生何为！”独死之。牧刘焉嘉之，为图象学官，诛馥等。

县令锜裒遇害，主簿韩揆随贾龙参与平叛，斩杀马相后，韩揆自杀殉主。

《华阳国志·卷10中：韩揆，字伯彦，绵竹人也。为令锜裒主簿。值黄巾贼入界，扶裒走入草中。裒遣求隐翳处，未还，裒为贼所得，见害。揆殡殓葬埋讫，诣从事贾龙求兵讨贼。贼破，曰：“本报令君，而苟自活，非忠。”乃自杀。锜裒疑为雒县令。

十月，青、徐两州又出现黄巾军。朝廷拜陶谦为刺史，陶谦以泰山人臧霸、孙观等人为将，大破黄巾。

十一月，朝廷令下军校尉鲍鸿讨伐葛陂黄巾，不克。

十月三日，朝廷董卓使牛辅率军讨伐白波黄巾，不克。

因为孔融多次忤逆董卓，董卓使三公府举孔融为北海相。孔融实无领兵之才，先后为黄巾渠帅张饶、管亥所败。郑玄之子郑益恩率家兵赴难，为管亥所杀。

张饶见范书《孔融传，《袁纪·卷30作“张余”；管亥见范书《孔融传及陈志《太史慈传等。

初平元年190年正月，关东反董联军起事，白波黄巾攻打河东郡。

孙坚率军在荆州南阳郡内宛县及邓县两地讨伐黄巾。

陈志《程普传：程普从孙坚征伐，讨黄巾于宛、邓。

此后，袁绍、袁术等人均联络附近黄巾为盟友，共同反董。

陈志《武帝纪：汝南、颍川黄巾何仪、刘辟、黄邵、何曼等，众各数万，初应袁术，又附孙坚。陈志《臧洪传：足下陈琳讥吾臧洪恃黑山以为救，独不念黄巾之合从邪！

青州刺史焦和率军西进欲参加反董联军，但青州黄巾起事，焦和率军与黄巾军隔河对峙。后，焦和病逝，袁绍与公孙瓒争战，青州遂乱。

陈志《臧洪传裴注引《九州春秋：是时英雄并起，黄巾寇暴，焦和务及同盟，俱入京畿，不暇为民保障，引军逾河而西。……黄巾遂广，屠裂城邑。

初平二年191年十一月，青州黄巾军攻打兖州泰山郡，为太守应劭所败，遂转攻冀州勃海郡。公孙瓒与青州黄巾军战于东光县，大败黄巾。朝廷董卓拜公孙瓒为奋武将军，封蓟侯。

本年，前将军赵谦讨伐白波黄巾军，有功，封郫侯。

范书《赵谦传：赵谦转为前将军，遣击白波贼，有功，封郫侯。

——可推杨奉此时归李傕，郭泰、韩暹、胡才、李乐等重返黑山。于夫罗在流亡期间，多次联合白波、黑山作乱。

豫州刺史袁术置孙坚表奏朱治行督军校尉，率步兵骑兵，前往徐州，协助徐州刺史陶谦平定黄巾。

陈志《朱治传：孙坚表朱治行督军校尉，特将步骑，东助徐州牧陶谦讨黄巾。

初平三年192年，青州黄巾军入兖州，攻杀任城相郑遂。兖州刺史刘岱迎战，败亡。济北相鲍信等人迎东郡太守袁绍置曹操入兖州，至本年冬，青州黄巾三十万降于曹操。

约初平四年193年，青州黄巾渠帅管亥围攻北海国都昌县，孔融使太史慈向平原相刘备求援，待刘备率三千人马增援，管亥解围而走。另，郑玄之子郑益恩在此战中殒命。

《太平御览·卷362引《郑玄别传：郑玄一子名益，字益恩。年二十三，相国孔府君举为孝廉。府君以多寇屯都昌，为贼管亥所围，乃令从家将兵奔救，遇贼见害，时年二十七也。

兴平二年195年，皇帝刘协从长安返回雒阳途中，被李傕等人率军追击。护送将领之一的杨奉，原为白波黄巾军将领，他派人去联络白波黄巾军将领李乐、韩暹、胡才及匈奴左贤王去卑前来护驾。

十二月，东归队伍抵达河东郡安邑县。

建安元年196年正月，曹操讨豫州汝南、颍川郡黄巾，何仪降。朝廷刘协拜曹操为建德将军。

李通讨伐汝南郡黄巾军，生擒渠帅吴霸，吞并其部。后，李通率众归附朝廷曹操，拜振威中郎将，屯兵于汝南郡西界。

陈志《李通传：李通又生禽黄巾大帅吴霸而降其属。李通本荆州江夏郡人，乱世时起兵于汝南郡郎陵县。

六月，胡才留在安邑县，李乐、杨奉、韩暹、董承随刘协返回雒阳，途中李乐退出。

六月二十二日，东归队伍抵达雒阳，韩暹拜大将军并领司隶校尉，杨奉拜车骑将军。曹操写信盛赞杨奉，杨奉大喜，表曹操为镇东将军、嗣其父爵位费亭侯。

之后杨奉出屯梁县，韩暹与董承在雒阳争权。

八月，董承私招曹操进京为援，韩暹被迫投杨奉。曹操骗过杨奉，将刘协转移至许县定都。

十一月，杨奉、韩暹作乱，被曹操击败，转投袁术。

之后，杨奉被刘备诈杀，韩暹北归途中遇难，李乐病死，胡才为仇家所杀。白波黄巾自此消亡。

本年，郑玄自徐州返乡青州北海国高密县，途遇黄巾军，黄巾军听闻郑玄大名，沿途跪拜两旁，约定不去侵略高密县。

建安五年200年，曹操与袁绍相持于官渡，汝南黄巾刘辟叛曹应袁，袁绍使刘备助其攻打许都，曹操则派曹仁讨平之。

建安七年202年，吴郡太守、行扶义将军孙权置朱治，讨伐黄巾余党陈败、万秉等人。

陈志《朱治传：朱治征讨夷越，左定东南，禽截黄巾余类陈败、万秉等。

自孙权掌权，扬州各地多有黄巾作乱，长史张昭率军讨平之；会稽郡官吏留赞与黄巾军作战，阵斩渠帅吴桓。

陈志《张昭传裴注引《吴书：孙权每出征，留张昭镇守，领幕府事。后黄巾贼起，昭讨平之。

陈志《孙峻传裴注引《吴书：留赞字正明，会稽长山人。少为郡吏，与黄巾贼帅吴桓战，手斩得桓。

建安八年203年，曹操部将乐进讨伐青州乐安黄巾，定乐安郡。

建安十二年207年十月，济南、乐安黄巾徐和、司马俱等攻克郡县，杀害济南王刘赟。朝廷曹操令典军校尉夏侯渊督泰山太守吕虔、齐、平原三郡建安十一年206年，朝廷曹操废八郡国，齐国、平原国名列其中，故本年称郡。】讨平之，屯兵徐州东海国的威虏将军臧霸亦有战功，战后领徐州刺史。

自此，汉末史书再无黄巾起事。