朱由崧就任监国之后，依照廷臣会推，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事马士英加东阁大学士、兵部尚书、右副都御史衔，仍任凤阳总督又以原詹事府詹事姜曰广为礼部左侍郎，与原礼部尚书王铎，二人兼东阁大学士入阁办事，以张慎言为吏部尚书，召刘宗周为都察院左都御史，其他衙门官员也先后作了安排。

五月初九日，马士英从凤阳赶到南京，次日，朱由崧召见史可法、高弘图、姜曰广、马士英四人，让他们迅速议定用人、守江、设兵、理饷的事宜，十一日，史可法上本设立四镇外和督师的问题，史可法说：“有四镇，不可无督师应驻扬州，适中调遣。&;

于是朱由菘决定封田承嗣为东平侯，出镇山东、北直隶地区高杰为兴平伯，镇守徐州、泗州地区刘良佐封广昌伯，镇守凤阳、寿州地区靖南伯黄得功加封侯爵，镇守滁州、和州一带史可法以督师镇守淮安、扬州地区田承嗣对福王朱由菘封的东平侯嗤之以鼻，根本不理会朱由菘的旨意，五月十七日，黄得功又进封为靖南侯、守武昌的左良玉虽然没有参加拥立，但他兵多将广也被朱由菘进封为宁南侯。

五月，山东、北直隶等地的大顺地方政权被明朝官绅颠覆，清军占领了北京附近地区，由于强制推行剃头等政策，京师附近的居民惶惧不宁，许多地方揭竿而起反对，清军统治三河县、昌平州、良乡、宛平、大兴、霸州、东安、武清、漷县、天津等地，都被官绅百姓攻占了。

五月二十五日，清廷派明降臣方大猷为监军副使招抚山东，六月初四日，又派明降臣王鳌永以户、工二部侍郎名义招抚山东、河南，六月初十日多尔衮派固山额真觉罗巴哈纳、石廷柱统兵收取山东，十四日，派固山额真叶臣领兵收取山西，觉罗巴哈纳、石廷柱发出檄文说“奉摄政王令旨各调兵马前往山东等处所过地方官民出郭迎接违者以抗师治罪”，又以平西王吴三桂名义大张文告，“摄政王简选虎贲数十万南下牌仰山东等处速速投降”。

六月二十一日，巴哈纳等带领的清军进抵德州，朱帅？不愿归附清朝，被镶红旗固山额真石廷柱所袭，由于“济王”部下都是些乌合之众，数万人马溃不成军，德州知州张有芳惟恐贻祸地方，游说朱帅？等归顺清军，朱帅？被迫解散部众，拜表归顺清军，畿南、山东大批州县就这样落到清军手里。

觉罗巴哈纳、石廷柱收复霸州、沧州、德州、临清之后，锦衣卫控制的曹州就暴露在清军面前，由于觉罗巴哈纳、石廷柱兵力有限，而主要目标还是大顺军，就没有再继续南下，七月初三日，下令将觉罗巴哈纳、石廷柱部调往山西，会同叶臣部合攻太原等地的大顺军。

觉罗巴哈纳、石廷柱两部清军调走后，王鳌永、方大猷临时拼凑了一些散兵游勇，不仅战斗力单薄，数额也只有几千人，而泰安王朱由？率领明德藩各郡王宗室具表归降，山东掌印都司苏邦政、济南府推官钟性朴等文武官员、乡绅也纷纷投顺，随后明朝署东昌道事工部主事于连跃以东昌府、临清州归附，青州府通判李懋学、推官彭钦以青州府城归附。

五月初十二日，潜伏在大同附近的大明副将云俊聪发动起义，约大同城军民内应，杀大顺军张天琳及中军张黑脸，云俊聪恢复大同地区后，打起反顺复明的旗帜，这时李自成正在太原休整，因为大顺军要急着撤回陕西去，并没有对大同镇发生变故采取任何措施。

降清的大明勋臣吴惟华，负责在山西替清朝招安地方，六月，吴惟华离京赴山西，代州、繁峙、崞县、五台的明朝文官武将先后招降了清朝，清军叶臣、石廷柱、巴哈纳、马国柱部，还攻克先后静乐、定襄等州县，从而使清朝控制区扩大到太原以北，吴惟华虽然知道大同城守将云俊聪是锦衣卫出身，还是抱着一线希望去招降云俊聪。

五月十八日，崇明岛有消息报来：五月十五日，水夫人产下一男婴，重达七斤二两，母子平安田承嗣得到这个消息欣喜若狂，自己终于有儿子了，因为南京朝廷纷乱，自己不敢轻易离开，水笙生产时自己不在她身边，这让田承嗣很是内疚，只有等事态平稳一些了，再去看水笙母子俩。

下午的时候，田小四入内来报告：“少爷，有一个姓邢的明军年轻军官到了温府，说是要见温清。”

田小四说的温府，就是田府附近的一处小院，被田承嗣冠名为温府，就是专门应对邢姐姐高杰的女人的，已经快两年了也没有用上，田承嗣已经把这茬事忘了，现在田小四提起这事，邢姐姐爱穿男装，田承嗣意识到是邢姐姐到了。

田承嗣问道：“小四，带我去见他。”

田承嗣和田小四从地道去了另一处院子，然后出了院子朝不远处的温府走去，温府门前并没有人，田小四轻轻的推开了门，里面的一个老军迎着，田承嗣向老军说道：“祁伯，客人还在里面吗？”

祁伯，锦衣卫伤残老兵，一只脚接了假肢，年纪其实不到五十岁，因为无家可归，被田承嗣留在金陵城厚养，还给祁伯讨了一个三十岁的寡妇，祁伯和寡妇就以温府家人神话，终于在一年多之后，等到了田大人要等的那个人。

祁伯说道：“大人，在客厅里等着呢！”

田承嗣说道：“祁伯，我现在是温家少爷。”

祁伯连忙说道：“大人，我知道了。”

田承嗣向院子里走去，田小四和祁伯则站在了院门处，田承嗣进得客厅，看见椅子上坐着一个年轻英俊的军官，那年轻英俊的军官站了起来喊道：“清弟弟。”

田承嗣认出了女扮男装的邢姐姐，也喊道：“啊，果然是姐姐你呀！”

门边祁伯的女人隐去了，田承嗣三步并作两步，走到邢姐姐面前一把抱住，顿觉眼前这个穿军装的邢姐姐更好看，邢氏说道：“姐姐来看你，你现在过得可好。”

田承嗣一身文生便服，说道：“大人，已经跟我升参将了。”

邢氏笑道：“弟弟，你官升得很快嘛！”

田承嗣说道：“姐，姐夫已经是兴平伯，这可是开镇一方的诸侯。”

邢氏说道：“我们姐弟见面提他干什么！”

田承嗣不再说话，捧着邢姐姐的脸就吻了下去，邢氏也是非常的饥渴，跟田承嗣一阵狂吻，过了好一阵两人才分开，田承嗣盯着邢姐姐看了一会，邢氏装着正经，最后还是憋不住，发出了咯咯娇笑，田承嗣猛的伸出双手，把邢氏抱了起来，大步流星的向里面的卧室走去